NextSeq1000/2000为Illumina 2020年推出的中通量测序仪器，该系列仪器相比于NextSeq500/550有更高的通量，价格也更便宜，相交Miseq仪器有更好的测序质量。NextSeq 2000是从零开始设计打造的，能极大限度地满足未来的需求，为高通量应用提供测序能力。 它可为不断变化的需求和更广泛的研究提供可扩展性，支持各种各样的应用，包括：环境微生物研究，BCR/TCR免疫组研究，动植物基因组测序等。
当前，NextSeq2000可以提供以下测序能力服务：
通过对比Miseq测序数据，NextSeq2000 产出的2×300 bp数据无论在测序质量Q30，还是结果一致性上均达到并超出（如下图），可以完全替代Miseq测序平台提供更高性价比的测序解决方案。
价格和周期：
| 分类 | 类型 | 价格 | TAT |
| 样本纯化 | 磁珠纯化 | 100 | 2-3工作日 |
| illumina建库 | DNA小片段文库 | 200 | 2-3工作日 |
| 测序 | PE300/PE250 (M) | 220 | 3-5工作日 |
备注：
1. 建库费用含QC费用。核酸通过QC的样品，建库成功按照正常流程收费，若建库失败不收取费用（默认尝试两次）；
2. 客户样品评为风险建库或者不合格样品时，客户继续要求建库的，无论结果成功与否；每轮建库正常收取一次建库费用；
3. Illumina PE300/250散样测序1M reads数据量起接单, 暂时不接包lane测序，默认发货为PF data.
4. Illumina双链散样DNA文库要求总量＞50ng（去除用于质检的2ul后）,浓度＞2.5ng/ul；包lane要求总量＞150ng，浓度＞3ng/μL。
