高通量测序技术（High-throughput sequencing）又称“下一代”测序技术（”Next-generation” sequencing technology），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。高通量测序是相对于传统的桑格测序（Sanger Sequencing）而言的。目前高通量测序的主要平台代表有罗氏公司(Roche)的454测序仪（Roch GS FLX sequencer），Illumina公司的Solexa基因组分析仪（Illumina Genome Analyzer）和ABI的SOLiD测序仪（ABI SOLiD sequencer）。
Illumina新一代测序（NGS）技术采用克隆扩增和边合成边测序（SBS）的测序化学技术，实现了快速、准确的测序。该过程可在将DNA碱基整合到核酸链的同时对其进行识别。每个碱基在加入不断延伸的链时会发出独特的荧光信号，该信号可用于确定DNA序列的顺序。
NGS技术能用于任何生物体的DNA测序，几乎可为所有生物学问题提供有价值的信息。DNA测序是一项高度可扩展的技术，可通过多种方法应用于小的目标区域或整个基因组，让研究人员能够探究与任何生物的基因组、转录组或表观基因组相关的几乎所有问题。新一代测序（NGS）的主要区别在于DNA或RNA样本的制备方法和使用的数据分析选项。
Miseq平台
Illumina公司推出的MiSeq是一台在单个仪器上整合了扩增、测序和数据分析的新一代测序仪。MiSeq有着革命性的流程和无可比拟的准确性，这让它成为快速且经济高效的DNA长片段测序的理想平台，适合广泛的应用，已被FDA大量采购并即将通过FDA认证。Miseq提供测序读长达到2x300bp的高质量测序模式, 非常适合抗体VDJ基因序列测序高通量测序。
